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鼻疽伯克霍尔德菌引起的重症肺炎是一种罕见但严重的人畜共患疾病，临床早期诊断较为困难。本病例患者男，66岁，因“发热伴咳嗽、咳痰、气喘3 d”入院，胸部影像提示两肺多发病变；血培养阳性，质谱分析提示伯克霍尔德菌属，血液mNGS及肺穿刺组织mNGS测定均提示鼻疽伯克霍尔德菌。鼻疽伯克霍尔德菌肺炎临床表现无特征性，早期诊断较为困难，目前大部分医院微生物室难以鉴定鼻疽伯克霍尔德菌种。依据病马密切接触流行病学史及微生物二代测序（mNGS）有助于本病确诊。