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目的了解镇江地区呼吸道和胃肠道疾病患儿博卡病毒（HBoV）流行状况，并通过对代表毒株的全基因组测序了解博卡病毒遗传特征。方法收集2010年1月-2011年12月期间镇江地区156份呼吸道疾病患儿鼻咽分泌物样品和310份急性胃肠炎患儿粪便样品，采用PCR方法检测HBoV基因；选取3株镇江地区HBoV代表毒株，测序获取全基因组序列，采用CLUSTAL和MEGA4．0等软件进行序列同源性及系统发育分析。结果HBoV在鼻咽分泌物样品中的检出率为2．56％，在粪便样品检出率为3．55％；HBoV基因序列均与GenB