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秦岭生态保护区地表径流众多,南北气候差异明显,因而孕育了种类丰富的野生鱼类。实地鱼类资源考察、检视鱼类标本以及参考鱼类分类、分布的文献表明,区内现有野生鱼类共7目16科75属141种（亚种）。通过物种多样性G-F指数的比较分析表明：区内鱼类的物种多样性在邻近省份中是最高的,而且该地区的鱼类区系地跨古北界和东洋界,具有显著的过渡区特点;区内不同水系间鱼类组成差异显著。目前,秦岭生态保护区野生鱼类的物种多样性正面临来自不合理捕捞、水工程建设、环境污染以及生态破坏等多方面的压力。为恢复和保护这一地区的野生鱼类的