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南京医科大学公共卫生学院设有职业医学与环境卫生学系、流行病与卫生统计学系、卫生毒理学系、营养与食品卫生学系、卫生检验学系、社会医学与健康教育学系6个学系和3个中心（江苏省预防医学实验教学示范中心、南京医科大学卫生分析检测中心暨江苏省医药农药兽药安全性评价与研究中心、南京医科大学公共卫生突发事件咨询服务与研究中心），