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重点学科建设项目进行预算管理很有必要,投入—产出目标的难以确定、学科内部各种诉求的平衡、学科对编制预算知识的欠缺等是重点学科建设项目预算编制的难点,预算依据不足、缺乏重点、事前审计的欠缺是预算编制中出现的常见问题,编制重点学科建设项目预算可参考预算与学科长远规划挂钩、统筹兼顾与突出重点结合、成本与效益结合等原则。