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林农复合生态系统是根据生态位、生物种群之间共生、边缘效应、利用层、食物链“加环”和生态系统工程等原理建立起来的。林农复台生态系统依历史发展过程可分为原始林农复合系统、传统林农复会系统和现代林农复合系统；根据生产方式可分为“牧童”式、林农轮作式、林农间作式、食物网链式、树木菜园式、塘雅系统式和复合母系统式等７种类型；依复台种类及其用途来分，主要有林、农系统，林、牧系统，林、渔系统，林、渔、农系统。林、渔、牧系统，林、食用菌系统，林、水生作物、渔系统和林．副系统等８种类型。