【摘 要】
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分子动力学模拟是研究包括RNA在内的生物大分子结构和功能的重要方法,但常规的显式溶剂模拟耗时较长,影响了其进一步应用.隐式溶剂模型通过用连续模型代替溶剂分子,能大大加
【机 构】
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清华大学生命学院,北京,10084
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分子动力学模拟是研究包括RNA在内的生物大分子结构和功能的重要方法,但常规的显式溶剂模拟耗时较长,影响了其进一步应用.隐式溶剂模型通过用连续模型代替溶剂分子,能大大加速模拟速度,因此提高模拟效率.然而,现有的隐式溶剂模型都不能很好地描述核酸分子,尤其是RNA.在之前的研究中(已接收),我们提出了一个新的隐式溶剂模型,并分别测试了A型RNA双螺旋、28S rRNA和tRNA等多个系统,验证了该模型可以更好地计算隐式溶剂下的静电相互作用.由于上述系统均以稳定的结构作为起始,因此没有采集到大的构象变化.在本文中,我们将采用B型RNA双螺旋(B-RNA)作为测试系统来验证该模型是否能正确地采集到大尺度的构象转变过程.初步结果表明,在我们的模型下,B-RNA不仅能够正确地采集A型RNA双链构象,而且其搜索速度也比相应的显式模型快.
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