日本从自身国情出发，在战后组织了全国性的农协系统，几乎将所有农户都纳入其中。“农协”以金融为支柱对农民提供全方位服务，包括指导生产、农产品销售、生产资料购买及保险信贷业务，以其独有的优势吸收农民存款，发放农业贷款。
　　日本农村金融系统区别于商业银行模式，经过60多年的发展，在机构设置、业务经营、行业服务以及配套法律等方面都已经比较成熟和完善，虽然目前面临诸多难题，但它在日本历史上所发挥的巨大作用，仍被国际社会公认为农村金融较为成功的例子。可以说，以“农协”为核心的产业、金融体系的建立，是日本在战后实现基本农产品供给、增加农民收入、消除城乡差距、经济全面崛起的关键因素之一。
　　
　　三级农村金融合作系统
　　
　　日本农村合作金融系统由三级构成，分别是市、町、村基层机构，中层的信用农业协同联合会(简称信农联)以及中央政府的中央农林公库(简称农林中金)。
　　基层农协金融机构——包括农业协同组合、渔业协同组合和森林协同组合，入股的是市、町、村农民，以及其他相关居民和团体。它直接与农户发生信贷关系，不以营利为目的，业务范围包括吸纳存款、贷款和结算性贷款。此外，农协还兼营保险、信贷业务。基层农协的剩余资金，出于对经济安全的考虑，依照《农协财务处理基准令》，按存款的一定比例存入上一级的中层农协金融机构——信农联，一般为定期存款的30％，活期存款的15％。基层农协无权向本系统以外的部门发放贷款。
　　信农联在基层农协与农林中金之间起到桥梁纽带的作用。入股的是所属地方农协和本地区农协的县一级其他事业联合会以及农业团体，最高权力机构是农协团体代表大会。另一方面，自身存款业务的剩余资金上缴农林中金，不足时则从其取得资金支持。
　　农林中金可称为农村合作金融系统的“总行”。根据《农林金库法》，它在全国范围内对系统内资金进行融通、调剂、清算。另外还发行农村债券。它的资金主要来源于信农联，同时也贷款给“关联大型企业”。
　　农协金融有严格的法律保证，既受到《农业协同组合法》、《农协财务处理基准令》等专项法规的规范，还必须遵守完备的金融法。
　　
　　农信保险——农协金融的孪生兄弟
　　
　　日本农村的信用保险保证系统，是政府参与下的对农协金融的政策性保障，是一项农业信用补充政策。它与一般金融保险的最大区别在于，被保险者只限于在农协金融机构的存款者，换句话说，这是为农民的信用补充而专门实行的政策。
　　由基金协会实施的信用担保制度创建于1961年，目的是解决当时农业生产者贷款担保不足的问题，确保农业融资的顺利实现。由信用基金实施的信用保险制度创立于1996年，它不但对基金协会的债务担保提供保险业务，还对基金协会提供低利率的资金发放，增强并补充基金协会的担保能力。
　　对于农业金融机构而言，如果某个农协金融组织宣告破产，则保险机构对单个储户支付保险金。其上限为1000万日元，储户存款超过1000万日元的部分作为对农协的债权保留，待农协进行债务清算时再予以补偿。对于农协金融来说，又以相互援助制度与存款保险制度互为补充，作为平衡，农协金融组织每年必须以其存款的10％作为专项储备基金，由农林中金统一管理，当农协自身经营出现问题时，可以通过程序向其申请紧急性低息贷款，目前该项储备金已达到590亿日元。
　　
　　来自金融自由化的挑战
　　
　　日本农协金融基础形成于20世纪五六十年代，当时农村经济还处于低水平阶段，对农村实行政策性扶持是必要的，因为当时农村地区还是“一般商业金融触及不到的封闭区域”，日本政府农业预算支出一度占到国民经济总投资的1/5。
　　但是，随着日本经济的高速发展，农业资金变得充裕，农村金融市场逐渐处于饱和状态。农民平均收入在20世纪70年代已经超过城市居民，开始出现存款利率(资金分配成本)上升、贷款利率(资金运用收)下降的现象。
　　日本经济泡沫崩溃之后，日本政府开始推行金融自由化政策，随着多元化金融机构涉足农村，导致“农协金融业务永远赚钱”成为历史。现在日本农村金融市场已经逐渐变为买方市场，大量农户存款从农协金融撤出，日本农协金融体系面临空前挑战。对此，日本政府于2002年开始着手实施改革。