应用遥感解译、实地查勘、调研咨询和历史资料收集等方法对红碱淖流域的湿地状况、生物状况、河湖连通状况进行调查。结果显示,红碱淖流域湿地面积萎缩,1987-1997年,流域湿地面积变化不大,1997-2010年,流域湿地面积减少40.26 km2;红碱淖鱼类资源减少,虽然组成变化不大,但捕捞产量逐渐下降,1974年和1975年鱼产量最高,年平均鱼产量54 kg/hm2,2003-2006年,已无捕捞产量;红碱淖鸟类数量下降,如普通鸬鹚以前是优势种,数量达到上千只,现在已经难以看到,雁鸭类、红嘴鸥等鸟类数量也有明显下降;河湖连通性受阻,大部分入湖河流目前已干涸,尤其是上游建设小型水库和蓄水池,使河湖连通性进一步恶化。从自然条件变化和人为因素两方面分析水生态退化的原因,包括气候变化、农业灌溉与植被耗水、能源及旅游开发和水利工程建设等影响因素,并提出建立跨区域的流域综合治理体制、加强湿地管理、加强生物及栖息地保护和建立水生态监测体系等保护对策。