【摘 要】
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彩色马铃薯较普通栽培马铃薯具有更丰富的营养物质,特别是富含抗氧化物质花青素,是近年来育种家研究的焦点.迄今为止开发的马铃薯SSR引物数量有限,特别是彩薯相关的SSR引物.本研究基于马铃薯全基因组序列利用MISA软件对SSR位点进行了分析.研究发现,在马铃薯全基因组序列中共获得218,997个SSR位点,平均3.39 kb出现一个SSR位点.单核苷酸是主要重复类型,占总SSR的62.05％,其次是二核苷酸和三核苷酸,所占比例为22.39％和13.11％.6种核苷酸类型的重复次数分布在5～746次,以5～10
【机 构】
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内蒙古农业大学农学院, 内蒙古呼和浩特 010019
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彩色马铃薯较普通栽培马铃薯具有更丰富的营养物质,特别是富含抗氧化物质花青素,是近年来育种家研究的焦点.迄今为止开发的马铃薯SSR引物数量有限,特别是彩薯相关的SSR引物.本研究基于马铃薯全基因组序列利用MISA软件对SSR位点进行了分析.研究发现,在马铃薯全基因组序列中共获得218,997个SSR位点,平均3.39 kb出现一个SSR位点.单核苷酸是主要重复类型,占总SSR的62.05％,其次是二核苷酸和三核苷酸,所占比例为22.39％和13.11％.6种核苷酸类型的重复次数分布在5～746次,以5～10次为主,占总SSR的60.9％.在检测到的全部SSR中,共获得215种基元类型,除六核苷酸重复类型外,其他5种核苷酸重复类型的优势基元均以含有A/T-的基序为主.SSR基序长度主要分布在12～20 bp之间,占全部SSR的43.19％.通过Primer 5共设计出100对SSR引物,利用彩薯双亲的DNA初步筛选出48对可以扩增出条带的引物,有效扩增率达48％.进一步验证引物的有效性,随机选择F2群体的6个单株进行PCR扩增,筛选出条带清晰稳定,多态性较高的引物26对,平均多态性比率为72.52％.本研究结果表明马铃薯全基因组SSR位点数量丰富、类型多样,具有中等的多态性.开发的引物多态性较高,可用于彩色马铃薯SSR标记的开发,遗传多样性分析和指纹图谱构建等方面的研究,为进一步挖掘花青素含量相关基因提供科学依据.
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