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Litt等1989年在心肌肌动蛋白的基因内扩增了一种2核苷酸重复并创造了“微卫”（microsatellite）这个名词。后来，Edward等称微卫星为简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）。现在人们一般把微卫星定义为1～6bp基元组成的重复序列。由于分布于整个基因组（包括编码区和非编码区），具有高度变异性、共显性遗传和适于自动化操作等特点，微卫星成为第二代分子标记的代表。