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自2003年农业部在全国范围内开展无公害农产品认证工作以来，随着认证工作的不断深入，各地企业申报积极性不断提高，无公害农产品的认证数量也逐年增加。2008年，全国共申报无公害农产品（畜牧业）2184个，其中，通过认证1965个，暂时未通过认证的219个，未通过率为10％。绝大部分暂时未通过认证的企业并不是生产管理或产品质量存在什么问题，而是在组织申报的认证材料中出现了问题。