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祝氏据其平生研究所获,创立'以五段代六经'之说。认为:一切外感性热病,无论其为六淫之袭,菌毒之激,人体未有不起抵抗者,抵抗之趋势,即证候之表现。所谓伤寒六经病证,总不出五种阶段。即开始抵抗(太阳),抵抗不济(少阳),抵抗太过(阳明),抵抗不足(太阴、少阴),最后抵抗(厥阴)。五段者,抗力消长之符号也。祝氏'五段'之说,以变革的精神脱出泥古不化的传统禁锢。