叶利钦把权力移交给普京时，要请他在场，
　　以此象征世俗权力的更迭获得了宗教领袖同意
　　
　　12月5日，俄罗斯东正教大牧首阿列克谢二世在官邸中去世。5000多名信徒自发聚集在莫斯科基督救世主大教堂为他彻夜守灵，总统梅德韦杰夫中断了赴意大利的国事访问，总理普京也于第一时间表达了哀痛之情，他說：“他的离世是俄罗斯民族的巨大损失。”
　　自1950年担任神职以来，在苏联的铁幕时代、世俗高压政治不断挤压宗教生存空间的险恶环境中，他小心翼翼地为东正教保存实力；在俄罗斯的解冻时代，他又肩负起了俄罗斯东正教复兴的大任。在他任全俄大牧首的18年来，东正教彻底摆脱了苏联时代备受摧残的噩运，重新成为俄罗斯文化以及社会的重要道德支柱。
　　在收获荣耀的同时，阿列克谢也备受争议。他是一位坚定的护教使者，却又充当过苏联清洗异见民众和教民的工具——克格勃的一员；他性情温和、热爱和平，却为了维护东正教教义中的家庭价值，致使一些同性恋者死于非命；他喜欢自由，却在对外场合为集权体制辩解。
　　1929年4月，阿列克谢出生于爱沙尼亚首府塔林一个东正教徒家庭，受身为神职人员的父亲影响，很小就担任过祭台助手和圣歌领唱。在塔林读完中学后，1947年进入列宁格勒神学院研究神学。
　　在1950年以前，苏联神学院的学生享受免征兵权利，但从这年开始，这一豁免权只限于神职人员。为逃脱兵役，他必须尽快担任神职。而按照东正教传统，担任神职后禁止结婚，于是，他与一位牧师的女儿在其就任教职的前4天举行了婚礼。只是这段婚姻维持不到一年便结束了。
　　
　　在神职人员备受精神和肉体折磨的苏联时代，他却在教阶上青云直上。任教职两天后即被任命为塔林教区牧师，14年后，1964年仅35岁的他被破例擢升为大主教。
　　这也许很大程度上得益于他与克格勃的关系。克格勃档案中有他“杜斯多夫”的代号和提交的报告。这也使他一直备受俄罗斯东正教海外教会抨击。然而前苏联负责宗教事务的委员会主席为他辩护说，“在苏联时代，任何人想担任主教或者其他高层教职，即便是一位宗教会议成员，都必须获得莫斯科和克格勃的批准。作为主教，如果他想保护教民并保住职位，必须在某种程度上与克格勃合作。”
　　他本人从未否认其克格勃背景，他说，“要捍卫一件事情，必须在别处有所舍弃，在苏联时代，我们别无选择，对于那些因为这些妥协而带来苦痛的人们，我无时无刻不在为他们祈祷，祈求宽恕与理解。”
　　事实上，在其克格勃背景的掩盖下，他为俄罗斯东正教保存了实力。在教堂被摧毁、教民被送进劳改营甚至遭到杀戮的时代，1961年他担任塔林主教期间，阻止了当局要把巴尔干半岛的最大教堂——亚历山大涅夫斯基大教堂改为天文馆，以及把修道院改成权贵疗养院的行动。官方记录显示，他任主教期间，塔林被关闭教堂数量在苏联所有教区中是最少的。
　　有克格勃的支持，再加上他平和的性情，1990年当全俄大牧首缺位时，他成为苏联历史上首位不是借助政府压力而当选的大牧首。然而此时的东正教境况黯淡，有资料显示，仅在1937年8月到1938年10月间，就有20765名教民被杀。到二战前，苏联的教会体系几乎被彻底摧毁。
　　上任后，他为教会权力和信教自由奔走呼号。借助与戈尔巴乔夫、叶利钦和普京等政界领袖的良好私人关系，他不仅为东正教复兴获得政策支持，还争取到财政扶持。18年来，俄罗斯重新遍布教堂，如今俄罗斯人有63%是东正教徒。1999年12月，叶利钦和普京签订权力交接协定，并转交给阿列克谢，以此象征世俗权力的更迭获得了宗教领袖同意。
　　苏联解体后，意识形态障碍不复存在，他着手为苏联时代的殉教者平反，力促十月革命以来分裂的俄罗斯东正教红白两派的统一。终于，在2007年5月，他与海外教会主教拉夫里共同主持了回归庆典。
　　考虑到乌克兰地区东正教徒依然受天主教徒压迫，他拒绝与同属于基督教三大教派之一的天主教教皇会面，谈判解决十字军东征以来两派长达8个世纪的历史积怨，只愿意保持书信层次的交流。