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为分析和解释2个小分子抑制剂ADS—J1和ADS—J2与艾滋病病毒蛋白gp41的抑制机理,通过采用理论计算的方式把抑制剂和gp41蛋白疏水性空穴对接,得到了可能的结合方式,并通过采用分子动力学和MM/PBSA相结合的方法,确定蛋白质和抑制剂的具体结合方式和结合自由能,并且获得了抑制剂和蛋白的精确结合构型和相互作用力,明确了抑制剂和蛋白质之间的抑制机理.理论研究证实了相关实验的推测,并且为以后设计新型的gp41小分子抑制剂提供了良好的基础.