RET/RAS/BRAF基因驱动甲状腺乳头状癌共表达关键基因的生物信息学分析

来源 :临床与实验病理学杂志 | 被引量 : 2次 | 上传用户:sswang111
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目的应用生物信息学方法分析RET/RAS/BRAF基因驱动甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma, PTC)的共表达关键基因。方法从GEO下载数据集GSE58545,利用在线分析GEO2R工具筛选差异表达基因,通过韦恩图交集寻找共表达基因,应用GO、KEGG、Matascape等数据库分析共表达基因的功能及通路,应用Cytoscape软件和STRING网络明确关键基因,应用Oncomine数据库分析关键基因的表达,应用Ualcan数据库验证TCGA数据库中关键基因在PTC中的表达趋势及临床病理联系,在HPA数据库确认关键基因编码蛋白在PTC中的表达。结果 KEGG、Canonical、Reactome通路分析筛选出来的34个RET/RAS/BRAF基因驱动PTC的共表达基因,分别与转录失调、p53蛋白调控免疫球蛋白死亡结构域、MET信号转导事件有关,从中挖掘出10个关键基因:MET、DPP4、ENTPD1、MUC1、SPINT1、BHLHE40、CLDN1、GALNT7、TGFA、TYMS,进一步由Oncomine和Ualcan数据库的临床病理资料证实关键基因mRNA的表达均显著高于正常组织(P<0.01),除了ENTPD1、TGFA、TYMS基因,其他7个基因mRNA的表达均与PTC淋巴结转移相关(P<0.01),目前尚未见ENTPD1、BHLHE40、GALNT7和TYMS这4个分子在PTC中的研究报道。结论该实验利用生物信息学方法筛出的关键基因,丰富了RET/RAS/BRAF基因驱动PTC中发挥作用的关联基因成员,为PTC的精准危险度分层拓宽有关基因变异及其分子机制探索,它们有望成为放射性碘难治性或手术不能切除PTC患者潜在的分子标志物及靶点。
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<正>消化道异物是临床常见急症之一,通常有明确的异物吞入史,内镜下常见的是刺入消化道黏膜内的管腔内异物,可直视下通过异物钳或抓钳等取出;而完全刺入胃壁内的异物相对少见,内镜下可表现正常或局部黏膜肿胀,需通过腹部CT或超声内镜等检查明确诊断。现报道1例通过内镜黏膜下剥离术(ESD)取出的胃壁内异物。
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2007年3月对滇中禄丰村林场具有代表性的3 hm2麻栎次生林的组成及生长状况进行了调查,分析其林分类型,主要乔木树种的径阶分布及其在群落中的重要值,进而对林分的生态效能进行评价.研究结果表明,该麻栎次生林划分为麻栎—云南松和麻栎—云南松—滇油杉2种林分类型,林木株数分布分别集中于径阶8 cm和6 cm处,以麻栎为优势树种,云南松为伴生树种.麻栎林木的优势度达50.77,重要值为71.71.林分主
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<正> 常用的氮肥有碳酸氢铵、尿素、硝酸铵、硫酸铵、氯化铵等,现分别予以介绍: 一、碳酸氢铵(NH1HCO3) 1、性质:碳酸氢铵简称碳铵,俗称“气肥”。主要成分为铵和二氧化碳。含氮量17—17.5%。为白色粉沫或细粒结晶,有刺鼻熏眼的气味。易溶于水,水溶液呈碱性,易自行分解。施入土壤后溶解速度快,易被作物吸收,不留任何杂质,不产生不良影响。碳铵化学性质不稳定,在一定温度和湿度条件下易分解为氨、二
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家谱既是家族历史的实录,又是民族文化的特殊载体。满族家谱在主流性的历史叙事中所融入的文学化叙事内容,包涵着与中华民族共同体意识相契合的历史意蕴。通过文献研究法,从民族与国家一体、爱国主义精神、中华文化认同等方面探究满族家谱文学化叙事与铸牢中华民族共同体意识的关系,这对于满族家谱历史文化资源应用于当代中华民族共同体意识培育活动有重要的研究价值和意义。
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