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根据已报道的真菌乳清苷-5′-磷酸脱羧酶（pyrG）氨基酸序列，采用CODEHOP策略设计简并引物，从橙色红曲菌（Monascus aurantiacus）的基因组DNA中克隆得到pyrG基因片段。然后运用PCR法筛选橙色红曲菌Fosmid文库，获得了pyrG基因全长（GenBank登录号：GU723506）。经过blastx比较发现，橙色红曲菌pyrG基因与Aspergillus flavus NRRL3357的氨基酸序列同源性最高，达到81％。该基因能够作为筛选标记应用于橙色红曲菌同源转化系统。