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昌吉州制种条件得天独厚,水土、光热资源适宜小麦、玉米、甜菜、油葵、西甜瓜、豆类、蔬菜等各类作物制种。年产各类种子1.7亿kg,生产的种子在全疆种子市场占有74%的份额,畅销国内20多个省区,并远销北美、南美、东南亚等国家和地区。目前,昌吉州已成为新疆最大的玉米制种基地,全国最大的西甜瓜制种基地和加工番茄制种基地。但是,昌吉州种业在发展过程中也存在一定问题,面对西部大开发的良好机遇,必须积极地采取应对措施,增强其综合竞争能力,促进昌吉州种业的发展壮大。