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吴门医派、新安医学、钱塘医派分别是明清时期苏州、徽州、杭州的地域医学学派，它们的形成与发展具体时间不同，学术研究方面也各具特色，各有千秋。吴门医派兴起于元末明初，新安医学兴起于明中期嘉靖年间，钱塘医派兴起于明末清初。三大医派形成既有其共同的社会原因，也有其地域差异。昊门、新安两大医派以地域为纽带，学术思想纷呈并有一定倾向，基础理论与临床研究各有所偏向，贡献颇多；而钱塘医派独领聚众讲学与集体研经、注经之风骚。