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根据实测资料对温州港大小门岛港区深水航道海区的三维潮流特征进行了分析。针对工程海区岸线不规则、地形复杂、岛屿众多、存在动边界等特点,使用垂向σ坐标变换技术,建立了基于不规则三角形网格的三维潮流数学模型,提出了三角形网格三维潮流数学模型处理动边界的方法。使用现场资料对模型进行了验证,潮位、不同水层的流速和流向均与实测资料吻合良好。在模型验证的基础上,对温州港深水航道工程实施后的三维流场进行了模拟,对表、中、底层流速流向的变化进行了分析,对航道表层最大横流进行了计算。建立的三维模型非常适合于复杂河口海岸