【摘 要】
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针对传统的Smith-Waterman硬件算法加速器未保存回溯路径而无法回溯的问题，通过将计算路径存人外存，在FPGA平台上基于脉动阵列实现了带回溯的Smith-Waterman算法加速器，详细阐述
【基金项目】
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教育部“高性能微处理器技术”创新团队资助项目（IRT0614）
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针对传统的Smith-Waterman硬件算法加速器未保存回溯路径而无法回溯的问题，通过将计算路径存人外存，在FPGA平台上基于脉动阵列实现了带回溯的Smith-Waterman算法加速器，详细阐述了算法加速器回溯设计中的关键技术以及算法加速器的系统结构。实验表明，与传统的解决方案相比，带回溯的算法加速器最高可获得161倍加速比，能够有效提高带回溯的Smith-Waterman算法执行效率。
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