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“2011计划”是新时期我国高等教育系统的又一项国家工程，该计划以协同创新中心建设为载体来实施。协同创新中心作为新生事物，其运行的模式和机制需要通过不断探索来加以完善。从组织机构、人才聘用考核、科研管理、人才培养、资源和成果共享几个方面介绍了协同创新中心的运行机制，并提出从建设多层次的协同创新中心和争取更多资源两个方面着手积极推进协同创新中心建设.