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亨普尔覆盖律模型方法所面临的挑战和问题表明:不存在一种根据定律和被说明项之间的逻辑关系来获得说明的简单模型。因此,我们关于说明的理解必须是整体化的。我们必须用系统的观点来看待和理解科学说明模型。一方面,我们要从整体上去认知科学定律;另一方面,我们必须从整体上理解科学说明的方方面面。尤其是要综合考虑事实与说明的关系、定律与说明的关系、原因与说明的关系,注意考察原因背后的规律。系统科学和整体论思想是科学说明理论所依赖的重要方法论和元理论。