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全新的国家重点研发计划在中国现有的科研体制中一直存在着科技计划体系的重复、分散等问题。为解决这一问题,同时提高财政资金使用效益,国务院于2014年部署国家科技计划管理改革,计划在2016年底前完成改革主体任务,将原有的100多个科技计划整合成国家自然科学基金、国家科技重大专项、国家重点研发计划、技术创新引导专项（基金）、基地和人才专项五大类。