本文借助"曼奎斯特指数"理论,在考虑规模效应的影响下,基于非定向且非径向的"增强型罗素测量"模型,从绩效的动态性角度构建了纯技术效率变化、生产技术变化、规模效率变化、组织管理绩效变化以及综合效率变化等五个绩效指数,以从多角度来考查中国重点理工科高校科学创新的动态绩效水平,即绩效变动的程度与趋势。以12所具有代表性的"985"工程重点建设的理工科高校为研究对象,基于它们在两个考查期(2002-2003年与2004-2005年)内的科学创新投入产出数据展开实证分析。比较前后两期的测度结果发现,各理工高校的五个绩效指数的变动趋势几乎都发生了质的变化,从"衰退(状态值<1)"变为"增长(状态值>1)";生产技术变化与综合效率变化之间存在稳定的显著相关关系;纯技术效率变化、规模效率变化和组织管理绩效变化等软性动态绩效指数与综合绩效变化之间相关关系增强。