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随着政府绩效管理的推进和审计＂免疫系统＂、公共财政＂经济卫士＂职能作用的发挥,对政府部门与重大项目的审计不仅要评价其财务控制管理与财政财务收支合法合规情况,更要从政府运用公共资金的效益角度评价其工作效果、成效,促进我国政府审计从传统的财政财务收支审计向绩效审计转型。财政专项资金绩效审计是对财政专项资金管理使用所带来的效益进行检查和评价,揭示其中存在的决策失误、损失浪费以及效益低下等问题，以提高专项资金使用效益的经济监督活动。