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对斑茅蔗BC1和BC2两个群体的397个无性系进行SSR和Alu-like分子标记分析，发现其中23个品系疑为假杂种，5个品系不具有斑茅血缘。结果表明SSR分子标记是鉴定杂交后代真实性的较好的方法，而引物SC597CS、SMC1527cl、SSCIR36鉴定出疑似假杂种总个数较多且互补性好，是鉴定斑茅蔗后代杂种真假的一组较好的引物。与Alu—like标记结合使用能较好地检测杂交后代是否含有斑茅血缘。