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农业非点源污染是最主要的一类非点源污染，也是成为构成目前水质环境恶化的一大威胁。通过对千岛湖流域农业非点源污染现状进行调查，指出非点源污染已成为千岛湖流域重要的污染来源。最佳管理措施（BMPs）通过工程措施、耕种措施和管理措施共同作用控制农业非点源污染，可以取得良好的经济环境效益。根据千岛湖流域农业非点源污染特点，针对性地提出各类非点源污染控制的最佳管理措施。