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生物柴油主要以植物油脂、动物油酯、废餐饮油等原料通过酯交换法来生产，但成本过高，且与其他产业竞争原料。将纤维素、半纤维素等糖化发酵培养高含油脂的酵母、霉菌、藻类可获得更多的生物柴油原料。如果能够大规模培养获得可以在湖泊、海洋生长的绿藻，螺旋藻、微藻、小球藻等，替代动植物油酯作为生物柴油的原料，将彻底解决人类的能源问题。各种海洋、湖泊高产油脂的藻类菌种筛选培养，油料树种的大面积种植，纤维素、半纤维素糖化后高产油脂的酵母、霉菌、藻类的发酵培养，均是好的发展方向。