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粳稻品系Y98149是从离子束诱变的后代中获得的显性半矮秆突变体,与野生型Y98148是1对株高近等基因系。将已经获得的3个与水稻显性半矮秆基因紧密连锁的RAPD标记分别克隆、测序,根据测序结果设计了3对特异性PCR引物,成功地将RAPD标记S1041525、S1076549和S1272403转化成更稳定的SCAR标记SCS1041498、SCS1076510和SCS1272388。通过Y98148×Y98149的F2代分离群体的分析,这3个SCAR标记与显性半矮秆基因的遗传距离分别为12.6c