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通过构建理想样本探讨了启发式分割算法在水文变异诊断中的可行性，比较了其与传统变异检验方法在检验性能上的差异，同时结合珠江三角洲河网三水站1900—2004年年最大洪峰流量序列检验其实际应用效果。研究表明该方法能较好排除虚假变异点干扰，较准确识别变异点数目及其发生时间，检验性能优于传统方法，适用于水文变异分析，特别是对复杂非线性非平稳水文序列，实际应用效果较好。通过变异分析发现三水站年最大洪峰流量序列在1993年发生跳跃变异，且为均值向上跳跃，表明区域防洪形势将更加趋于严峻。