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在两阶段DEA模型的基础上引入不良贷款作为非期望产出,改进传统两阶段DEA模型,分别用新模型与原模型测算16家上市商业银行的效率,对总效率和子阶段效率分别进行分析,并比较存款获取阶段与利润获取阶段的效率,结果显示:不良贷款对银行效率有显著影响;"四大行"的效率高于股份制商业银行;2008年以前我国银行业主要依赖存款获取阶段来提升效率,在2008年以后主要依赖利润获取阶段来提升效率。