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在构建区域创新系统，提高区域创新能力日益成为区域经济获取竞争优势，实现快速健康发展决定性因素的社会经济背景下，构建一流的区域创新系统是实现内蒙古现代区域发展的重要举措。本文依据内蒙古总体经济实力及区域创新能力，地区间不平衡的经济实力和偏弱的科技、教育实力的分析设计了短链结构、网络结构的内蒙古区域创新系统的构建模式。