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本文以内蒙古自治区的赛罕乌拉、这里诺尔两个自然保护区为案例,分析了两个保护区所面临的问题及其根源,提出了在生态文明理论指导下自然保护区的管理理念应为:自然保护区的有效管理在和谐的社会环境条件下才能实现;社区居民与保护区的关系不是简单的对立关系,保护区的管理中要重视社区居民的参与和受益;自然保护区是生态文明建设的前沿阵地,保护区的管理应导入由保护区管理机构、政府部门、企业、当地居民及科研工作者共同参与的“生态系统管理”模式。