目的通过对绵羊肝、肺来源的细粒棘球绦虫原头蚴(protoscoleces,PSC)及囊液miRNA测序及表达谱分析,筛选差异表达miRNAs,并对其调控的靶基因进行初步预测,以期了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征研究奠定基础,同时为细粒棘球蚴病的综合防控提供理论依据。方法采用TRIZOL法分别提取细粒棘球绦虫原头蚴及囊液总RNA,构建sRNA测序文库,采用Illumina HiSeq2500高通量测序技术进行深度测序,分别比较肝、肺原头蚴组及肝、肺囊液组miRNAs的表达差异。对显著差异表达的miRNAs进行筛选与靶基因预测,并进行GO和KEGG功能富集分析,初步探讨差异表达miRNAs。结果原始测序数据一系列数字化过滤后,得到的sRNAs长度分布在18-26nt之间。本次测序筛选出764个miRNAs,包括保守miRNAs 134个,新miRNAs 537个。筛选出显著差异表达的miRNAs共计61个,其中肝、肺原头蚴组4上调表达,56个下调表达,囊液组仅有1个miRNA且上调表达。GO分析其在生物过程中多富集在转录及调控、蛋白磷酸化、氧化还原反应等;在分子功能上多集中于ATP、蛋白、核酸及离子的结合和转运等。KEGG显示,受显著差异miRNAs调控的靶基因参与了2条信号通路,主要在细胞的增殖、分化、凋亡、代谢和抵抗氧化应激等方面发挥作用。结论肝、肺原头蚴组及其囊液存在特异miRNAs表达谱,包括数量和种类及其表达水平的不同,可为包虫病筛选新的药物靶点,评估包虫转移风险提供理论参考。