新中国成立以来政府职能的历史变迁,在提升治理能力维度上直观表现为政府机构改革,在优化治理方式维度上直观表现为主体关系重塑。在这一制度变迁中存在着三重路径依赖:以党政合一为核心的政治整合方式限制了制度变迁的可能空间,以层级结构为依托的权力配置方式抑制了制度变迁的创新活力,以行政体系为中心的组织行为方式阻碍了制度变迁的内生动力。为了实现突围,有必要对症下药:其一是推进国家治理现代化,在区分政治问题与管理问题的前提下明确多元主体定位,推动政治整合方式变革、拓展制度空间;其二是推进纵向权力配置方式改革,以合理确权为总体原则,依照政府间职能分工进行管理权限划分,实现权力配置制度化、激发创新活力;其三是以职责体系重塑为抓手,落实职责配置的细致化及其与机构改革的双向互动,压缩制度本身存在的"变通空间",推动组织行为方式变革、释放内生动力。