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南湾水库2000年以前水质基本上保持在地表水Ⅰ类。2003-2005年水质总磷、高锰酸盐指数为地表水Ⅱ类,总氮为地表水Ⅲ类,其余各项指标均为地表水Ⅰ类;综合评价,水库水质为地表水Ⅲ类。农业生产和旅游业的发展对水库水质的负面影响严重。水质富营养化治理对策是：发展生态旅游,保护水库环境;提高农艺水平,减少营养流失;退耕还林,建设生态林业;建立生态渔业工程。