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中国马鹿分为东北亚种、天山亚种、塔里木亚种、甘肃亚种、川西亚种、阿拉善亚种、西藏亚种和阿尔泰亚种。根据文献资料系统性总结了以粪便为研究材料对中国马鹿各个亚种的分子生态学的研究现状,展望了中国马鹿分子生态学需要研究的问题;具体介绍了马鹿分子生态学中研究很少的亲权鉴定、近亲交配和家域利用方面的研究现状并提出了进一步的研究趋势。为中国马鹿的种群恢复、保护管理以及科学研究提供依据。