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受农业集约经营影响,小流域农业面源污染呈现出“集群式”“爆发式”“交叉式”等新特征,对小流域生态环境造成了巨大压力,是推进绿色发展、实现乡村振兴战略的严重障碍.考虑到小流域农业面源污染是一个动态变化的过程,引入微分博弈理论,研究集约经营格局下新型农业经营主体和传统农户这两类从事农业生产经营活动的主体在地方政府的引导作用下关于小流域农业面源污染治理策略的动态优化与协同问题.研究发现:非合作模式下,三方主体的治污努力程度最低,且各时点的小流域农业面源污染累积量最多;政府引导不能有效降低农业生产经营活动产生的污染量,但可以激励农业生产经营主体提高其治污努力程度;若生态损害系数、效益分配比例、补贴系数满足一定的关系,协同合作模式是最优治污路径且效益水平最高.