因为日本实行的是征兵制，适龄男性都得服兵役，一个市的男性编成一个联队，这个联队的补充兵都来自這个市，由此，日本把全国划分成了几十个联队管区，而日本陆军的军旗也只授予步兵和骑兵联队。
　　联队旗在日军中有非常崇高的地位，每个联队成立时，联队旗必须由天皇在皇宫里亲自授予联队长，而且还有一番天皇问话和联队长答话的仪式，表示这支部队是“天皇亲率”，联队旗随部队出征就相当于“天皇分身”。
　　所以日军联队把军旗看得十分重要，有专门的护旗班，而且规定军人在见到军旗时要像面见天皇时那样敬礼。
　　作战时，联队旗随联队本部一起出征，但是危机时刻可以放在师团部。到万不得已部队被全歼或者不得不投降时，联队旗必须被烧毁（日军称之为“军旗奉烧”），旗杆顶的天皇家徽必须被深埋。
　　军队在行军和作战时，军旗会被放在一个黑色的布口袋中。
　　但是在部队进攻受挫的时候，日军会果断拿出军旗，用其引导步兵发起进攻，日军认为这样可以最大程度地激发部队士气。所以很多久经沙场的联队，其军旗往往破损到只剩下外面那圈流苏。
　　但日军部队几乎不会修补军旗，他们认为军旗越破烂越能显示出部队经历的血战之多，所以只要还能悬挂，就会一直被使用，这也是日军历史越悠久的部队军旗越破烂的原因。