基于cpDNA序列,研究柴达木野生黑果枸杞(Lycium ruthenicum)的遗传多样性、遗传结构和单倍型进化关系,可为其种群的遗传保护提供理论依据.该研究基于3个筛选的叶绿体多态引物:psbA-trnH、psbK-psbI和trnV,利用群体遗传分析方法研究柴达木盆地野生黑果枸杞的遗传变异格局:利用软件DnaSP 6.0和Permut 2.0计算分子多样性指标,利用分子方差分析研究组间和种群间的遗传变异来源,利用单倍型网络分析和主坐标分析研究单倍型的聚类关系;利用最大似然树和贝叶斯系统树分析单倍型的谱系进化关系.结果显示:叶绿体序列psbA-trnH、psbK-psbI和trnV拼接后的总长度为1 454 bp,鉴别出14个核苷酸变异位点,共定义了7个单倍型.种群间总的遗传多样(hT)和种群内遗传多样性(hs)分别为0.916和0.512.AMOVA分析结果表明,80％以上的遗传变异来源于组间和种群间.叶绿体单倍型的贝叶斯系统树和最大似然树均表明柴达木盆地黑果枸杞种群聚为2支:德令哈和格尔木为一支,诺木洪为另一支.单倍型网络和主坐标分析结果揭示的拓扑结构和聚类关系与系统树一致.Mantel检验结果表明柴达木黑果枸杞种群间的遗传距离与地理距离存在显著的弱相关关系(r = 0.5911,p =0.000 9).柴达木盆地黑果枸杞种群具有较高的遗传多样性,种群间遗传分化显著.从遗传多样性保护的角度而言,具有较高遗传多样性的诺木洪林业站和格尔木新乐村种群可划分为保护管理单元.