目的建立15种呼吸道常见病原体的实时荧光定量PCR检测方法,用于新兵发热病因的快速检测。方法根据生物信息学分析结果选定15种常见呼吸道病原体的检测靶基因,建立实时荧光定量PCR方法。采用15种病原体的培养物和正常人的基因组对检测方法的敏感性和特异性进行测试,并对健康和发热新兵各50例的咽拭子进行检测。结果所建立的荧光定量PCR方法的有效检测线性范围为1×102～1×109拷贝/ml,最低检测限为5～50拷贝/ml,敏感性和特异性均较高。在50例发热新兵咽拭子中,24.0%嗜肺军团菌阳性,30.0%乙型流感病毒阳性,24.0%肺炎支原体阳性,8.0%甲型流感病毒阳性,对照组上述病原的阳性率依次为20.0%、6.0%(P<0.05)、22.0%和0.0%,而腺病毒、麻疹病毒、SARS相关冠状病毒、人冠状病毒、流行性腮腺炎病毒、呼吸道合胞病毒、甲型流感病毒H5N1、风疹病毒、猪链球菌、肺炎衣原体和肺炎链球菌均阴性。18例(36%)流感病毒感染者急性期血清IgM和IgG阳性率分别为88.9%(16/18)和72.2%(13/18),在恢复期则分别为16.8%(3/18)和100%(18/18)。健康新兵的两次血清抗体检测无临床意义。在咽拭子嗜肺军团菌及肺炎支原体阳性个体,发热期和恢复期血清抗体阳性率分别为8.3%和8.3%、8.3%和16.7%。结论成功建立可同时进行15种呼吸道病原体早期诊断的实时荧光定量PCR方法,该方法检测结果表明此次新兵营集训新兵发热病因以流感病毒感染为主。