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微生物在农田生态系统中占据着很重要的作用,其结构和功能的多样性及变化在一定程度上反映了农田生态系统的基本状态,因此非常有必要应用有效的方法来研究农田微生物的多样性、分布及行为等。但是通过传统的微生物培养和鉴定方法得到的微生物信息很片面,不足以代表微生物在农田生态系统中的真实情况。而近几十年来兴起的微生物研究新方法突破了传统方法的限制,极大地促进了微生物学的发展。本文介绍了现在常用的微生物多样性研究方法及其在农田生态系统中的应用现状。