【摘 要】
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认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符
【机 构】
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苏州大学计算机科学与技术学院,江苏省计算机信息处理技术重点实验室,苏州大学系统生物学研究中心
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认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符合高分辨率晶体结构中观察到的构象的微妙变化.本文提出了一种基于Backrub的并行扰动骨架和侧链的模型,可以对天然构象的等价状态进行模拟.这种并行扰动方式更加接近于真实情况下蛋白质构象的运动方式,更好地模拟了实验数据.通过预测10个点突变实例,相比串行随机扰动模型产生的构象,并行模型不仅从时间上提高了产生构象的速度,更提高了侧链的预测精度.
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