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自然界中氮的生物地球化学循环主要由微生物驱动，由固氮作用、硝化作用、反硝化作用和氨化作用来完成。过去数十年间，随着异养硝化、厌氧氨氧化和古菌氨氧化作用的发现，人们对环境中氮素循环认识逐步深入，提出了多种脱氮途径新假说。对湖泊生态系统中氮素的输入、输出及其在水体、沉积物和水土界面的迁移转化过程进行了概括，对湖泊生态系统中反硝化和厌氧氨氧化脱氮机理及脱氮效率的最新研究进展进行了探讨，并对以后的氮素循环研究进行了展望。