目的:研究北京市医药分开综合改革对二三级公立医院经济运行的影响机制,为改善公立医院的经济运营提供政策建议。方法:应用描述性分析方法对北京市不同类型二三级公立医院改革前后的收支变化及补偿情况进行分析。结果:改革后二三级公立医院医疗收入增长率明显下降,二级公立医院医疗支出增长率下降明显,但三级医院医疗支出增长率下降不明显。改革后二三级公立医院平均收支结余率分别为-2.11%和-4.12%,二级医院比改革前上升0.82个百分点,三级医院比改革前下降1.46个百分点。肿瘤医院和传染病医院医疗服务补偿率分别仅为6.59%和-36.66%。结论:三级综合医院医疗收支结余有下降的趋势,不同类型医院的医疗服务补偿率和财政补偿率差异明显。需加快建立财政分类补偿机制和推进医疗服务价格调整,补偿发生政策性亏损的医院,维持公立医院经济运营的稳定。