通过对国内外区域创新体系建设及治理100余篇的文献研究,根据创新体系治理的内涵,并在相关理论的支撑下,以6个维度49项指标构建了我国区域创新体系治理指数的评价指标体系,运用VIKOR法对我国2014年区域创新治理指数进行了测度和分析;同时,对我国区域2011—2014年创新治理指数及治理维度得分与区域经济发展及产业结构分别构建回归模型进行研究。研究得出:区域创新体系的治理发展不平衡,两极分化较为明显;创新体系的治理维度发展不均衡且与治理指数呈现非同步性特征;剔除"三驾马车"效应后,区域创新体系的治理对经济发展具有显著的正向驱动作用,且滞后2年的效果最为显著;区域创新体系的多个治理维度对产业结构的发展具有显著的正向作用,创新平台促进和创新引导对产业发展不具有直接的正向作用。