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在胚胎发育期间，躯干和四肢骨与大部分颅面骨架均通过软骨内成骨而形成，在间充质细胞向软骨细胞、前肥大软骨细胞、肥大软骨细胞及终末分化的过程中，一系列分子信号的精密调控在正常软骨内成骨中发挥着重要作用。Sox9信号通过自身直接或间接作用，以及与其他信号共同调节软骨细胞的增殖和分化，在胚胎早期软骨内成骨中起核心调控作用。