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一些对蛋白质活性很重要的残基在进化过程中是高度保守的，另有一些残基通过共进化来维持蛋白质结构和功能上的稳定。由于共进化残基分析可在未知蛋白质结构时，仅依据序列推断残基间的相互作用，因此在蛋白质结构和功能预测上具有重要的研究意义。当前分析共进化残基的方法主要有基于相关系数的方法、基于微扰理论的方法、参数检验法等。然而，由于存在蛋白质系统进化的背景干扰，目前共进化残基分析的精度仍有待进一步提高。本文概述了蛋白质共进化分析的方法及其研究进展，并对其发展趋势进行了预测。