为研究我国主要牧区特色干制发酵乳制品中细菌、游离氨基酸、脂肪酸组成及其相关性，本研究通过高通量测序技术对新疆酸奶疙瘩（SNGD）、西藏曲拉（QL）、内蒙古奶渣子（NZZ）和云南乳扇（RS）中细菌16S rDNA V4-V5区测序，利用LC/MS和HPLC分别测定脂肪酸和游离氨基酸含量，最后再利用RDA研究细菌群落与alpha多样性、脂肪酸和游离氨基酸的相关性。高通量测序结果表明，干制发酵乳制品样本共获得2 421 338条reads，其中clean reads为1 871 524条，云南乳扇中细菌Chao1指数和Shannon指数均明显高于其他三个地区的干制乳制品样品。细菌群落组成分析发现，不同干制乳制品样品的菌群组成差异较大，4个地区的干制乳制品中的菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为主，其中新疆酸奶疙瘩的厚壁菌门相对最高，西藏曲拉的变形菌门相对与其他地区的干制乳制品占比最高。在属水平上，不同地区的干制乳品主要以乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）为主。脂肪酸分析发现，云南乳扇中的16种脂肪酸均高于其他三个地区。对游离氨基酸进行主成分分析，共检出24种游离氨基酸，其中新疆酸奶疙瘩的游离氨基酸种类最多，含有所有检出的24种游离氨基酸，而且含量普遍高于其他三个地区的干制乳制品。RDA分析发现，丙氨酸Ala与醋杆菌Acetobacter和乳杆菌Lactobacillus以及链球菌Streptococcus相关，乙酸Acetic acid和丁酸Butyric acid与不动杆菌Acinetobacter相关。揭示了我国不同省份中脂肪酸以及游离氨基酸与细菌群落组成之间的相关性，为各省份传统干制乳制品的工业化生产提供理论依据。